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垫付工程款的处理是，根据《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》当事人对垫资及其利息有约定，请求按照合同约定返还垫资及其利息的，应当予以支持。 如果建筑工程质量合格，可以参照合同约定的结算工程价款进行结算；如果建筑工程经竣工验收不合格，分两种情况处理：可以修复的，修复后经竣工验收合格，应由承包方承担修复费用；修复后不合格的，将不支付承包人的工程价款。